Как изменить запись файлов в директории?

вероятнее всего Вы имеете виду автосоздание линков на каждый из файлов директории, если я правильно понял, то можно написать простенький батничек для автоматизации процесса, или попробовать поискать продвинутый ренэймер файлов (во многих из них есть опция классификации фаилов директории и линкование), вопрос в том для каких целей это нужно, т.е. область практического применения, например: если фаилы формата jpeg, то есть миллионы готовых решений, а если это доки, то может быт практичнее поднять на виртуальной машинке докувики и создать некое подобие собственной минивикипедии с перекрестными ссылками